Den medicinske rehabilitering er første fase på vejen tilbage til den tidligere tilværelse. Heling af sårene og tilpasning af en protese er her de første forudsætninger for at kunne vende tilbage til arbejdsmarkedet og samfundet.

Rehabiliteringen starter umiddelbart efter operationen, hvis det er muligt på det sygehus, hvor man er blevet opereret. To til tre uger efter operationen bør patienten overflyttes til et egnet rehabiliteringscenter. Sårene skal på det tidspunkt være næsten helede, fuldstændig heling er som regel ikke absolut nødvendig.

Normalt betaler socialforsikringen (sygesikring, pensionsforsikring, ulykkesforsikring), hvis man er forsikret. Den pågældende forsikring vælger rehabiliteringscentret, når den behandlende læge eller sygehuset har indsendt den nødvendige ansøgning. Rehabiliteringen af den amputerede foregår tæt på hjemmet. Patienten har ingen direkte indflydelse på valg af centret.

Rehabiliteringen af amputerede bør altid foregå stationært. Kompleksiteten af den nødvendige foranstaltning kan som regel kun håndteres stationært. En undtagelse kan være foranstaltninger til "opfriskning" af patienter med protese, som har fået foretaget en amputation for længere tid siden. I de første uger efter operationen har patienten også brug for pleje, som ikke kan stilles til rådighed i det hjemlige miljø.

Alligevel er det hjemlige miljø og støtte fra familie og venner vigtig. Derfor lærer de pårørende så vidt muligt at hjælpe med at tage protesen på. Der tales også med de pårørende om ændring af boligmiljøet, og der foretages de nødvendige ændringer. Det private miljø er også vigtigt for at stabilisere patienten psykisk.